Velké pokroky v zobrazovací informatiky caBIG09 jednání
Bylo to velmi hektické, ale vzrušující týden dosud díky caBIG 2009 výročním zasedání . Za prvé, některé základní na situaci, než jsem vysvětlit vzrušující část. Mým cílem v caBIG spočívá Imaging prostoru, který se snaží poskytnout jak open source aplikací pro zpracování obrazu a volně k dispozici radiologický dat, k jejich komunitě. Velký kus mé pracovní den je věnovaný práci s jejich nejzralejší nástroj, který se nazývá Národní Biomedical Imaging Archiv (NBIA) . Účelem tohoto nástroje je sloužit jako indexované datového skladu pro DICOM obrázků lékařské a jeden z mých hlavních úkolů v práci pomáhá usnadnit přírůstkům vědecky zajímavých dat do archivu pro výzkumné pracovníky, využít.
DICOM je standard pro lékařských snímků v těchto dnech, a oni jsou strukturovány velmi podobně, jak jsou MP3 soubory. Skládají se z hlavičky, která obsahuje velké množství "značek" nebo meta dat hodně jako jak uložit jméno interpreta, název skladby, atd. pro MP3. Avšak v DICOM jsou tisíce značek, které poskytují informace o celé řadě věcí. Něco z toho je pacient centric jako jména pacienta, výšky nebo hmotnosti abychom jmenovali alespoň některé. Tam jsou také věci jako modality, tloušťka řezu, verzi softwaru nebo výrobce hardwaru jméno, které poskytují informace o stroji pacient ležel na vrcholu. Existuje mnoho jiných typů značek, ale já bych nakonec museli napsat knihu, když jsem se dostal do vysvětlovat všechno a tam jsou mnohem chytřejší lidé jako David Clunie , který by vám lepší informace o předmětu.
Takže když se tyto obrazy předkládány NBIA server analyzuje meta data nacházejí v podmnožině těchto značek tak, aby koncoví uživatelé pak mohou vyhledávat na základě této informace najít typ obrázků, které chtějí. Odkaz jsem je uvedeno výše, poukazuje na serveru NBIA hostil v National Cancer Institute zde ve Spojených státech, ale díky rastru caBIG federativní struktury institucí po celém světě, můžete také nastavit své vlastní NBIA servery a vybrat si vystavit podmnožiny vlastních dat přes mřížku sdílet s sebou.
Nyní, na nový z konference. Letos na výročním zasedání v caBIG tam byly některé skvělé věci oznámila pokud jde o nové pokroky v devleopment zobrazovacích aplikací pracovního prostoru, jakož i některé zajímavé novinky o datových sad se přidávají k serveru NCI NBIA. Mezi nejzajímavější se soustředí na projektu s názvem The Cancer Genome Atlas (TCGA). Zde je oficiální shrnutí projektu z jejich webu :
Rakovina Genome Atlas (TCGA) je komplexní a koordinované úsilí k urychlení pochopení molekulárního základu rakoviny prostřednictvím aplikace analýzy genomu technologií, včetně rozsáhlé sekvenování genomu. TCGA je výsledkem společného úsilí National Cancer Institute (NCI) a Národní Human Genome Research Institute (NHGRI), které jsou oba součástí National Institutes of Health, amerického ministerstva zdravotnictví a sociálních služeb.
Zastřešujícím cílem TCGA je zlepšit naši schopnost diagnostikovat, léčit a předcházet rakovině.
S cílem podpořit velké množství dat, přírůstku, který byl vyskytující se na podporu tohoto projektu NCI založila TCGA dat portálu. Přestože to byl fantastický pilotní projekt tohoto bodu jednoho prvku, který nebyl oficiálně zahrnuta do dat na akruální NCI bylo zobrazování. Nicméně, během posledních pár měsíců jsem tým pracovat na v programu rakoviny Imaging je v neustálém spojení s několik lokalit, které poskytly údaje do projektu TCGA. Jsem hrdý na to, hlásí, že toto úsilí se vyplatilo výrazně, což má za spolupráci i Henryho Forda a Univerity Kalifornie San Diego (UCSD) zpětně získat obrázky pro případy TCGA a nahrát je na NBIA tady v NCI! Jednalo se o zásadní krok a byl základním kamenem umožní rozvoj nových projektů ohlášených na letošní caBIG setkání.
Během setkání bylo oficiálně oznámeno, že Imaging pracovní prostor v caBIG by se zahájením realizace projektu svůj vlastní přidat ještě větší podporu TCGA iniciativ prostřednictvím přidáním některých nových open source nástroje obohatit dat. Cílem je poskytnout vizualizace a nástroje pro anotaci doprovázet obrazových dat, které by umožnily lékaři / vědci naložit obrázky, aby měření nádorů, anotace textu, záznam a uložit je zpět do datové služby, které by mohly být dotazovány jiní, kteří se zajímali o jejich přezkum. Toho bude dosaženo vývojem nových modulů pro dvě velmi populární existujících medicínských obrazových diváky a jeden NCI domácí jednom. Prvním z nich je ClearCanvas , který byl vyvinut pro platformu Windows. Druhým je OsiriX (zdarma, ale nemyslím si, že je to plně open source), který byl vyvinut pro Mac. K dispozici je také třetina multiplatformní nástroj s názvem AVT vytvořen pomocí ještě další Imaging pracovního prostoru produkt s názvem Toolkit XIP. XIP byl navržen pro rychlý vývoj aplikací zobrazovací a je založen na QT , který všechny z vás, KDE lidé již znají a milují.
Doufám, že budu moci podat zprávu o nějaké kladné pokroku v těchto oblastech před RSNA výroční schůzi , která se vyskytuje na konci listopadu. Věřím, že aktuálním cílem je mít funkční aplikace včas připraven předvést na této valné hromadě!
